RCSB PDB — 2XY6: Кристаллическая структура пары оснований салицилового альдегида в комплексе с фрагментом ДНК-полимеразы I из Bacillus stearothermophilus
- Обзор структуры
- 3D-вид
- Аннотации
- Эксперимент 9 0003 Последовательность
- Геном
- Версии
ПредыдущийСледующий
Содержание макромолекул
- Общий вес структуры: 72,9 кДа
- Количество атомов: 5168
- Смоделированное количество остатков: 601 
- Количество депонированных остатков: 601 
- Уникальные белковые цепи: 1
- Уникальные цепи нуклеиновых кислот: 2
Кристаллическая структура салици альдегидная пара оснований в комплексе с фрагментом ДНК-полимеразы I из Bacillus stearothermophilus
Проверка wwPDB Отчет 3D Полный отчет
Это версия 1. 2 записи. См. полную&nbsисторию 9.0020
Литература
Образование обратимой связи Обеспечивает репликацию и амплификацию сшивающего саленового комплекса в виде ортогональной пары оснований.
Каул К., Мюллер М., Вагнер М., Шнайдер С., Карелл Т.
(2011) Nat Chem  3 : 794
- 90 026 PubMed : 21941252 Поиск в PubMed
- DOI: https://doi.org/10.1038/nchem.1117
- PubMed Abstract: 
Универсальный генетический код основан на двух парах оснований Уотсона-Крика, связанных водородными связями, которые могут образовывать 64 триплетных кодона. Это накладывает ограничение на количество аминокислот, которые могут быть закодированы, что мотивировало усилия по созданию синтетических пар оснований, ортогональных природным …
Универсальный генетический код основан на двух связанных водородными связями основаниях Уотсона-Крика пары, которые могут образовывать 64 триплетных кодона. Это накладывает ограничение на количество аминокислот, которые могут быть закодированы, что мотивировало усилия по созданию синтетических пар оснований, ортогональных природным. Дополнительная пара оснований даст еще 61 триплетный кодон. Искусственные пары органических оснований были описаны в исследованиях ферментативного включения, а неорганические пары оснований T-Hg-T и C-Ag-C, как сообщалось, образовывались в исследованиях удлинения праймера. Здесь мы демонстрируем пару металлических оснований, которая полностью ортогональна и может быть реплицирована и даже может быть амплифицирована с помощью полимеразной цепной реакции в присутствии канонических пар dA:dT и dG:dC. Кристаллические структуры пары оснований dS-Cu-dS внутри полимеразы показывают, что обратимая химия возможна непосредственно внутри полимеразы, что позволяет эффективно копировать неорганическую сшивку. Результаты открывают возможность репликации и амплификации искусственных неорганических наноструктур ДНК путем расширения генетического алфавита.
Организационная принадлежность : 
Центр комплексных белковых исследований при химическом факультете Университета Людвига-Максимилиана в Мюнхене, Butenandtstrasse 5-13, D-81377 Мюнхен, Германия.
Макромолекулы
Найдите похожие белки по:
(по порогу идентичности) | Трехмерная структура
Идентификатор объекта: 1 | |||||
---|---|---|---|---|---|
Молекула | Цепи | Длина последовательности | Организм | Детали | Изображение |
ДНК-ПОЛИМЕРАЗА I | A | 581 9012 7 | Geobacillus stearothermophilus | Мутация(и) : 0  Названия генов:  polA EC:  2.7.7.7 | |
UniProt | |||||
Найти белки для E1C9K5 (Geobacillus stearothermophilus) Исследовать E1C9K5  Перейти к UniProtKB: E1C9K5 | |||||
Группы объектов   | |||||
Кластеры последовательностей | 30% Идентичность50% Идентичность70% Идентичность90% Идентичность95% Идентичность100% Идентичность | ||||
UniProt Group 90 127 | E1C9K5 | ||||
Просмотр свойств белкаРасширить | |||||
|
Найдите похожие нуклеиновые кислоты по: Последовательности | Трехмерная структура
Идентификатор объекта: 2 | |||||
---|---|---|---|---|---|
Молекула | Цепи | Длина | Организм | Изображение | |
5′-D(*GP*AP*CP*CP*SAYP* TP*CP*CP*CP*TP)-3′ | B | 10 | синтетическая конструкция | ||
Protein Feature ViewExpand | |||||
|
Найти похожие нуклеиновые кислоты по: Последовательности | Трехмерная структура
Идентификатор объекта: 3 | |||||
---|---|---|---|---|---|
Молекула | Цепи | Длина | Организм | Изображение | |
5′-D(*AP*GP*GP*GP*AP* SAYP*GP*GP*TP*CP)-3′ | C | 10 | синтетическая конструкция | ||
Представление характеристик белкаРасширение | |||||
|
Малые молекулы
Лиганды 3 Уникальные | |||||
---|---|---|---|---|---|
ID | Цепи | 9 0112 Имя / Formula / InChI Key2D Diagram | 3D Interactions | ||
MES Query on MES Download CCD File Идеальные координаты  | F [auth A] | 2-(N-МОРФОЛИНО)-ЭТАНСУЛЬФОННАЯ КИСЛОТА C 6 H 13 N O 4 S SXGZJKUKBWWHRA-UHFFFAOYSA-N | Взаимодействие лигандов | ||
MRD Запрос к MRD Загрузить CCD-файл идеальных координат | G [auth A] | (4R)-2-метилпентан-2,4-ди ПР С 6 Н 14 О 2 SVTBMSDMJJWYQN-RXMQYKEDSA-N | Взаимодействие с лигандом | ||
SO4 Запрос на SO4 Download Ideal Co координаты ПЗС-файла  | D [авт. A], E [авт. A] | СУЛЬФАТ-ИОН O 4 S QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-L | Взаимодействие лигандов |
Экспериментальные данные
Элементарная ячейка :
Длина (Å) | Угол (˚) |
---|---|
a = 88,23 5 | α = 90 |
b = 93,127 | β = 90 |
c = 105,505 | γ = 90 |
Пакет программного обеспечения:
Название программного обеспечения 9010 9 | Назначение |
---|---|
REFMAC | уточнение |
XDS | сокращение данных |
SCALA | масштабирование данных |
PHASER | 9012 6 фазировка
Посмотреть более подробные экспериментальные данные
История входа
Данные осаждения
- Дата публикации: 27 июля 2011 г.